Die Klinik für Allgemein-, Viszeral- und Thoraxchirurgie ist an der Kooperation des St. Bernward Krankenhauses mit der Universität Göttingen im Rahmen des Akademischen Lehrkrankenhauses an der studentischen Ausbildung beteiligt. Neben Famuli und Blockpraktikanten werden vorwiegend StudentInnen im Praktischen Jahr ausgebildet. Als Anreiz wurde gemeinsam mit allen chirurgischen Kliniken des St. Bernward Krankenhauses ein strukturiertes Ausbildungscurriculum für die PJ-Studenten konzipiert. Prof. Merkle ist außerdem Prüfer bei den ärztlichen Abschlussexamina in Göttingen.

Die Weiterbildung der Mitarbeiter erfolgt durch regelmäßige interne und externe Fortbildungsveranstaltungen. Intern findet täglich eine Indikations- und Operationskonferenz statt, bei der sämtliche relevanten Befunde der zu operierenden PatientInnen vorgestellt und besprochen werden. Ergänzt wird die interne Fortbildung durch eine regelmäßige (monatliche) Morbidity-Mortality-Konferenz, in der besondere Krankheitsverläufe besprochen und analysiert werden.
Ferner findet monatlich eine interne Weiterbildungsveranstaltung für alle Ärzte der Klinik für Allgemein-, Viszeral- und Thoraxchirurgie statt (s. Tabelle).